Camadas profundas de areia formadas pela acção do vento no Kalahari cobrem extensas áreas da porção ocidental da bacia do Limpopo, enquanto que os solos arenosos da porção oriental (Moçambique) são derivados de areias marinhas antigas, não consolidadas. Estes solos arenosos suportam importantes recursos de madeira dura.

Os solos no fundo dos vales ao longo de todos os afluentes e dos principais canais do Limpopo são, geralmente, de origem coluvial ou aluvial e suportam áreas extensas de agricultura comercial e de subsistência. Em contraste, as áreas montanhosas ou de inclinações íngremes são caracterizadas por solos frágeis, planos, pedregosos com pouco potencial agrícola. Nas áreas endoreicas, a maior parte dos solos tem um teor de sódio e de barro relativamente elevado.